RNA-Seq的數(shù)據(jù)分析方法就如雨后春筍般涌現(xiàn)。在基因組組裝上經(jīng)驗(yàn)豐富，曾參與人類基因組計(jì)劃。

HISAT全稱為Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts。它取代Bowtie/TopHat程序，能夠?qū)?/span>RNA-Seq的讀取與基因組進(jìn)行快速比對。

HISAT利用大量FM索引，以覆蓋整個基因組。以人類基因組為例，它需要48,000個索引，每個索引代表~64,000 bp的基因組區(qū)域。這些小的索引結(jié)合幾種比對策略，實(shí)現(xiàn)了RNA-Seq讀取的比對，特別是那些跨越多個外顯子的讀取。盡管它利用大量索引，但HISAT只需要4.3 GB的內(nèi)存。這種應(yīng)用程序支持任何規(guī)模的基因組，包括那些超過40億個堿基的。

StringTie能夠組裝轉(zhuǎn)錄本并預(yù)計(jì)表達(dá)水平。它應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)流算法和可選的de novo組裝，將復(fù)雜的數(shù)據(jù)集組裝成轉(zhuǎn)錄本。在分析模擬和真實(shí)的數(shù)據(jù)集時，StringTie實(shí)現(xiàn)了更完整、更準(zhǔn)確的基因重建，并更好地預(yù)測了表達(dá)水平。

對于從人類血液中獲得的9000萬個讀取，StringTie正確組裝了10,990個轉(zhuǎn)錄本，而第二名的組裝程序Cufflinks只組裝了7,187個，提高了53%。對于模擬的數(shù)據(jù)集，StringTie正確組裝了7,559個轉(zhuǎn)錄本，比Cufflinks的6,310個提高了20%。此外，它的運(yùn)行速度也比其他組裝軟件更快。

開展差異表達(dá)分析的工具。它能利用RNA-Seq實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)，預(yù)測基因、轉(zhuǎn)錄本或外顯子的差異表達(dá)。