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質(zhì)粒DNA的制備
有多種分離質(zhì)粒的方法,如堿裂解法、煮沸裂解法、層析柱過濾法等。
目前一般使用堿變性法制備質(zhì)粒DNA。這個方法主要包括培養(yǎng)收集細菌菌體,裂解細胞,將質(zhì)粒DNA與染色體DNA分開及除去蛋白質(zhì)和RNA。
1.堿變性法質(zhì)粒提取的原理:
根據(jù)共價閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA與線性染色體DNA片斷之間,在拓撲學(xué)上的差異而發(fā)展出來的。
在pH值12.0~12.5范圍內(nèi)時,線性的DNA會被變性而共價閉合環(huán)狀質(zhì)粒DNA卻不會被變性。
通過冷卻或恢復(fù)中性pH值使之復(fù)性,線性染色體形成網(wǎng)狀結(jié)構(gòu),而cccDNA可以準確迅速復(fù)性,通過離心去除線性染色體,獲得含有cccDNA的上清液,zui后用乙醇沉淀,獲得質(zhì)粒DNA。
2.堿變性法提取質(zhì)粒的步驟:
(1)取1.5毫升含質(zhì)粒的大腸桿菌過夜培養(yǎng)物,加在微量離心管中,離心收集細胞沉淀;
(2)加入100微升冰冷的溶液I,(50mM葡萄糖, 25mM Tris-HCl PH=8.0, 10mM EDTA)渦旋震蕩懸浮菌液。
(3)加入200微升新配制的溶液II,(0.2M NaOH,1.0%SDS)緩緩混勻置室溫5分鐘。
(4)加入150毫升冰冷的溶液III,(*29.4克,冰乙酸11.5毫升,加蒸餾水至100毫升)顛倒離心管10次后,冰浴5分鐘。
(5)離心的上清液用*抽提數(shù)次,用乙醇沉淀收集質(zhì)粒DNA。細胞
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