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抗體革命缺乏系統(tǒng)的方法

時間:2016/3/28閱讀:1098
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    一只小鼠提醒了Clifford Saper這樣一個事實:抗體正在誤導(dǎo)科學(xué)界。在994年到20年間,Clifford Saper擔任《比較神經(jīng)學(xué)》(Comparative Neurology)雜志的主編。在此期間,他看到了一大堆依靠抗體來標記神經(jīng)遞質(zhì)及其受體位置的論文。2000年前后,基因敲除小鼠在生物領(lǐng)域大受歡迎,但結(jié)果令人不安。

   按道理說,基因敲除動物的染色結(jié)果應(yīng)該和對照組小鼠的染色結(jié)果存在很大差別。但很多時候結(jié)果相同。據(jù)如今是波士頓貝絲·以色列·迪肯尼斯醫(yī)療中心(Beth Israel Deaconess Medical Center,BIDMC)神經(jīng)部門主席的Saper回憶,他們發(fā)現(xiàn)越來越多的論文因此被撤稿。同時Saper也意識到,他們?nèi)狈ο到y(tǒng)的方法來評估這些使用抗體的論文。

于是單個雜志革命開始了。Saper和編輯部的同事們提出了一條規(guī)則,要求作者提供論文中使用的抗體的廣泛驗證數(shù)據(jù)。據(jù)Saper回憶,這條政策對文章的嚴謹性有很大好處,但對于論文的投稿不利。“很多作者會覺得麻煩,會選擇投稿到其它雜志。”但Saper堅持這一原則。他的努力zui終形成了JCN抗體數(shù)據(jù)庫,一個包含幾千個可信賴的神經(jīng)解剖學(xué)抗體的清單。

如今,醫(yī)學(xué)研究者仍然不斷遭遇抗體悲劇。zui常見的悲劇是騙人的抗體:購買的用于檢測蛋白X的抗體優(yōu)先與蛋白Y結(jié)合(甚至可能*不與X結(jié)合)。另一個悲劇是可重復(fù)性差:用新抗體重復(fù)以前的實驗,發(fā)現(xiàn)結(jié)果無法重復(fù)。一個好項目因此擱淺(見文末:處于困境的抗體市場)。

但技術(shù)的進步和科學(xué)界的需求變化將會終結(jié)這個抗體泥潭。

抗體是生命科學(xué)領(lǐng)域zui常用的工具之一。zui普遍的用法是在 Western blot中揭示細胞或組織樣本中特定蛋白質(zhì)的表達量的多少。此外,它們也被用于免疫組化和免疫熒光染色,以便于在顯微鏡下可視化地觀察蛋白,以及其它各類基于抗體會與特定生物分子結(jié)合的實驗。據(jù)網(wǎng)上生物試劑商城Biocompare 205年發(fā)表的一份報告估計,科研用抗體市場規(guī)模達到25億美金,并且仍在增長??贵w的選擇也讓人眼花繚亂——有數(shù)以百計的抗體供應(yīng)商。

在這一巨大市場的背景下,抗體的不可靠性問題非常讓人警醒。特異性不足、敏感度和批次差異性等導(dǎo)致了錯誤的科現(xiàn)和大量的科研精力浪費??贵w的不可靠性造成了癌癥、代謝、老化、免疫學(xué)和細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及任何研究復(fù)雜的生物分子的領(lǐng)域的巨大損失。因抗體而造成的、在時間和資源方面的浪費非常巨大。據(jù)估計,每年因購買質(zhì)量差的抗體導(dǎo)致的損失達到8億美金,更不要說所造成的無數(shù)的錯誤結(jié)論、不可解釋的(或曲解)實驗,以及浪費了的病人樣本和增加了的徒勞的研究時間。

瑞典*理工學(xué)院(Royal Institute of Technology)的研究員Mathias Uhlén表示,因抗體而造成的挫敗已經(jīng)太多了,是時候做出改進了。“學(xué)界對解決這個問題懷有很大興趣。”

勢在必行

對抗體的不滿意激勵了各領(lǐng)域人士采取行動。今年9月,Uhlén主持了由人類蛋白質(zhì)組組織(Human Proteome Organization,總部在溫哥華,一個財團支持的、研究蛋白質(zhì)的大型項目)舉辦的抗體驗證工作組成立大會。同月,美國實驗生物學(xué)學(xué)會聯(lián)合會( Federation of American Societies for Experimental Biology)主辦的圓桌會議也探討了抗體問題,預(yù)計明年年初發(fā)布抗體選擇建議。美國國立衛(wèi)生研究院(National Institutes of Health, NIH)也參與了這次會議。從明年月起,基金分配必須包含驗證實驗所需的抗體和其它關(guān)鍵資源質(zhì)量的項目。長遠的解決方案很可能在明年9月在由生物標準研究所(Global Biological Standards Institute)主辦的會議上敲定。會議將在加利福尼亞州阿西羅馬舉行。40年前的這個會議上,科學(xué)家們謹慎敲定了利用基因重組技術(shù)操控DNA的細則。

美國國立綜合醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所(National Institute of General Medical Sciences)主任Jon Lorsch指出,他們希望,學(xué)界能提出一致同意的解決方案。如此這樣,基金申請人和基金評委在描述如何認證材料時,都將有據(jù)可依。

其中一種解決方案就是使用明確了抗體重要標準的菜單。Uhlén提到,他們關(guān)注的,不是抗體的好與壞,而是在特定實驗、特定上下文中抗體的效果。 評價體系可能包括利用基因敲減和敲除,來驗證在目標蛋白缺乏的情況下,抗體是否仍會發(fā)生結(jié)合。另一種方法是把靶蛋白帶上熒光標簽,驗證抗體是否會與未標記的蛋白發(fā)生結(jié)合。還可以把新抗體和質(zhì)量好的抗體進行比較。zui后,研究者可以通過質(zhì)譜儀來檢測分析抗體能與哪些分子結(jié)合。

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