近年來，人們開始利用新一代測序來鑒定癌癥相關(guān)的改變，從而指導(dǎo)癌癥治療和預(yù)后。然而，美國華盛頓大學(xué)的研究人員利用兩家測序公司的產(chǎn)品來分析同一患者的樣品，發(fā)現(xiàn)結(jié)果竟然大相徑庭。上周，他們于《JAMA Oncology》在線發(fā)表了這一初步研究結(jié)果。
華盛頓大學(xué)Tony Blau*的團(tuán)隊(duì)利用Foundation Medicine的FoundationOne檢測和Guardant Health的Guardant360檢測來分析9名癌癥患者的樣品。不過，他們發(fā)現(xiàn)，只有22%的改變被兩家公司所報(bào)告。盡管研究人員指出一種檢測覆蓋更廣泛的改變，但他們懷疑這種不一致來源于腫瘤異質(zhì)性和報(bào)告上的差異。
盡管FoundationOne和 Guardant360檢測都適用于臨床癌癥樣品的測序，但它們有所不同。
FoundationOne檢測測序315個(gè)癌癥相關(guān)基因的外顯子以及28個(gè)重排相關(guān)基因的內(nèi)含子，而Guardant360檢測測序循環(huán)游離DNA中的70個(gè)基因。研究人員指出，這兩種檢測的特異性高于99%，但敏感性略低。
Blau及其同事招募了9名患者來參與他們的研究，其中5名是ruxian癌患者，另外幾名則分別患有胰腺癌、胸腺癌、肺癌和唾液腺癌。對于胸腺癌患者，這兩種檢測都沒有發(fā)現(xiàn)任何遺傳改變。他們在其他患者中總共發(fā)現(xiàn)了45個(gè)突變，但只有10個(gè)（22%）是兩個(gè)平臺(tái)都發(fā)現(xiàn)的。對于其中兩名患者，兩種檢測發(fā)現(xiàn)的突變沒有任何重疊。
這些檢測還根據(jù)患者的結(jié)果*可能讓患者受益的藥物?？偟膩碚f，兩種檢測*了36種藥物，但是不同平臺(tái)為同一患者只*了9種藥物，而5名患者的*藥物沒有重疊。當(dāng)研究人員將分析限制在報(bào)告相同突變的患者時(shí)，*藥物的一致性增加到62%。
于是，Blau及其同事開始追蹤這些不一致背后的潛在原因。與Guardant360檢測相比，F(xiàn)oundationOne檢測覆蓋更廣泛的突變，但研究人員指出，他們并沒有包括那些只被FoundationOne檢測捕獲的變異。這樣看來，不一致可能歸因于腫瘤異質(zhì)性以及公司返回變異的差異。
在這篇文章中，研究人員指出Guardant360檢測通常返回低頻率的變異。當(dāng)研究人員將他們的分析限制在高于1%頻率的變異時(shí)，檢測之間的一些不一致消失了。
Foundation Medicine的醫(yī)療官Vince Miller認(rèn)為，腫瘤并沒有想象的那么異質(zhì)。他表示，同一腫瘤不同部位的樣品通常是高度一致的，而單次活檢可捕獲關(guān)鍵改變。他認(rèn)為不一致的部分原因在于腫瘤細(xì)胞脫落的速率不固定，故液體活檢無法捕獲。
相反，Guardant Health的醫(yī)學(xué)總監(jiān)Justin Odegaard則認(rèn)為，液體活檢所捕獲的低頻率變異代表了實(shí)體瘤或轉(zhuǎn)移瘤中的異質(zhì)性。他認(rèn)為，這項(xiàng)研究表明，這兩種方法可能是互補(bǔ)的。
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