關于本次水污染防治法修改的主要內容，陳吉寧說，草案全面落實《水污染防治行動計劃》確定的主要制度措施，與新修訂的環(huán)境保護法相銜接，圍繞全國人大常委會執(zhí)法檢查發(fā)現的重點問題和社會普遍關注的突出問題，主要修改、增加了以下內容：
強化地方政府責任。規(guī)定未達到水環(huán)境質量改善目標的，有關市、縣級人民政府應當制定限期達標規(guī)劃，明確防治措施及達標時限，并授權其根據達標需要提出更嚴格的排放控制要求。（第二條）
加強流域水污染聯合防治與生態(tài)保護。規(guī)定國務院環(huán)境保護主管部門應當會同有關部門和省級政府，建立重要江河、湖泊的流域水環(huán)境保護聯動協調機制，加強水污染聯合防治。同時，為提升流域環(huán)境資源承載能力，規(guī)定要明確流域生態(tài)環(huán)境保護要求，組織開展監(jiān)測評價，實施有關生態(tài)修復工程。有關開發(fā)建設活動要采取有效措施維護流域生態(tài)功能。（第三條、第四條）
完善水污染防治監(jiān)督管理制度。一是做好排污許可與總量控制、達標排放等制度的銜接，規(guī)定排污許可證應當明確水污染物種類、濃度、總量和排放去向等要求（第六條）。二是完善環(huán)境監(jiān)測制度，明確排污單位的自行監(jiān)測義務（第八條）。三是建立有毒有害水污染物名錄制度，加強風險管理（第九條）。
強化重點領域水污染防治措施。在工業(yè)廢水管理方面，明確工業(yè)集聚區(qū)廢水實行集中處理，并嚴格其排放要求；在地下水污染防治方面，明確有關企事業(yè)單位應當采取防滲漏等措施，加強地下水水質監(jiān)測；在農業(yè)和農村水污染防治方面，規(guī)定縣級以上地方人民政府要統(tǒng)籌規(guī)劃、建設農村污水、垃圾處理設施；禁止有關工業(yè)廢水排入農田；在船舶污染防治方面，要求進入我國內河的航線船舶對壓載水進行滅活處理，禁止采取沖灘方式進行船舶拆解作業(yè)。（第十條至第十八條）
強化飲用水安全保障制度。在現行法律規(guī)定的飲用水水源保護區(qū)制度的基礎上，增加了以下內容：一是開展飲用水水源污染風險調查評估，篩查可能存在的污染風險因素，并采取相應的風險防范措施；二是規(guī)定單一水源供水的城市，應當建設應急水源或者備用水源，或者開展區(qū)域聯網供水；三是規(guī)定有條件的地區(qū)要發(fā)展規(guī)模集中供水，保障農村飲用水安全；四是強化飲用水供水單位責任，保證供水水質達標，不達標的要對供水單位進行處罰；五是加強飲用水水質監(jiān)測；有關信息要向社會公開；六是加強飲用水安全應急管理。（第十九條至第二十二條、第二十四條、第三十一條）
嚴格法律責任。根據環(huán)境保護法的精神，對無證或者不按證、超標、超總量排放水污染物等違法行為，規(guī)定了嚴格的法律責任，并與環(huán)境保護法規(guī)定的按日連續(xù)處罰和JU留措施進行了銜接。（第二十八條至第三十條、第三十二條、第三十四條）
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