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上海鈺博生物科技有限公司
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閱讀：149發(fā)布時間：2017-3-3
白血病是發(fā)達國家癌癥死亡的主要原因。國內(nèi)外一直努力尋找用于白血病診斷的分子生物標志物，但由于白血病的異質(zhì)性和復(fù)雜性，它的發(fā)生發(fā)展涉及多個分子組分之間的相互作用。因此，目前普遍使用的單個分子標志物具有一定的局限性。網(wǎng)絡(luò)生物標志物被認為在疾病表征中優(yōu)于個體分子。
日前來自蘇州大學(xué)系統(tǒng)生物學(xué)研究中心的學(xué)者發(fā)表論文于Journal of Cancer，名為基于基因表達和蛋白之間相互作用的數(shù)據(jù)，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)生物標志物可準確預(yù)測白血病。
該研究整合蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和基因表達數(shù)據(jù)，在系統(tǒng)層面上對白血病的關(guān)鍵基因進行模塊化分析，構(gòu)建可以為診斷白血病提供依據(jù)的網(wǎng)絡(luò)生物標志物。首先，我們選擇蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫 PINA 和數(shù)據(jù)庫 GeneGo中白血病相關(guān)基因，重建白血病特異性蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。接下來，進一步整合基因表達數(shù)據(jù) 以識別具有白血病相關(guān)性的活性模塊。zui后，評估候選網(wǎng)絡(luò)生物標志物的診斷性能。zui終得到一個包含97個基因和400條映射關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)用于準確診斷白血病。功能富集分析結(jié)果顯示，該網(wǎng)絡(luò)標志物中的基因主要富集在白血病等癌癥相關(guān)通路上。
網(wǎng)絡(luò)生物標志物相比于單個標志物可以更加有效的區(qū)分白血病的疾病樣本和正常樣本。網(wǎng)絡(luò)生物標志物提供了診斷白血病的有效方法，也有助于進一步了解白血病的分子基礎(chǔ)。
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