內(nèi)參即是內(nèi)部參照，它們?cè)诟鹘M織和細(xì)胞中的表達(dá)相對(duì)恒定，在檢測(cè)基因的表達(dá)水平變化時(shí)常用它來(lái)做參照物。其作用是校正上樣量、上樣過(guò)程中存在的實(shí)驗(yàn)誤差，保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。借助檢測(cè)每個(gè)樣品內(nèi)參的量就可以用于校正上樣誤差，這樣半定量的結(jié)果才更為可信。一般要選擇一個(gè)在處理因素作用的條件下不會(huì)發(fā)生表達(dá)改變的基因作內(nèi)參。

在進(jìn)行基因研究的過(guò)程中,實(shí)時(shí)反轉(zhuǎn)錄 PCR也和傳統(tǒng)的mRNA定量方法如 Northern b lot技術(shù)等一樣, 要求使用參照基因以校正轉(zhuǎn)錄效率和 cDNA用量, 彌補(bǔ)制備過(guò)程中樣本純度和濃度的差別, 使不同樣本之間目的基因的比較成為可能,以期獲得真實(shí)可靠的結(jié)果。大多數(shù)分析方法中這些差別可通過(guò)與內(nèi)參照比較處理消除。zui普通的內(nèi)參照是內(nèi)源性參照基因,也叫管家基因。

管家基因：又稱(chēng)持家基因(house-keeping genes)生物體各類(lèi)細(xì)胞中都表達(dá)，其產(chǎn)物是對(duì)維持細(xì)胞基本生命活動(dòng)所必需的蛋白質(zhì)編碼的基因。如微管蛋白基因、糖酵解酶系基因與核糖體蛋白基因等。是 為維持細(xì)胞基本生命活動(dòng)所需而時(shí)刻都在表達(dá)的基因。

管家基因表達(dá)水平受環(huán)境因素影響較小，而是在個(gè)體各個(gè)生長(zhǎng)階段的大多數(shù)、或幾乎全部組織中持續(xù)表達(dá)，或變化很小。它的表達(dá)只受啟動(dòng)序列或啟動(dòng)子與RNA聚合酶相互作用的影響，而不受其他機(jī)制調(diào)節(jié)。 管家基因高度保守并且在大多數(shù)情況下持續(xù)表達(dá)，因此管家基因常被用于分子技術(shù)--多位點(diǎn)基因分析。

內(nèi)參基因通常是各種看家基因，在細(xì)胞內(nèi)組成穩(wěn)定性表達(dá)，有助于保持細(xì)胞的功能。理想的內(nèi)參基因應(yīng)該滿(mǎn)足以下條件：1, 不存在假基因(Pseudogene)，以避免基因 DNA的擴(kuò)增; 2,高度或中度表達(dá)，排除低表達(dá); 3,穩(wěn)定表達(dá)于不同類(lèi)型的細(xì)胞和組織(如正常細(xì)胞和癌細(xì)胞)，而且其表達(dá)量是近似的，無(wú)顯著性差別; 4,表達(dá)水平與細(xì)胞周期以及細(xì)胞是否活化無(wú)關(guān);5, 其穩(wěn)定的表達(dá)水平與目標(biāo)基因相似;6, 不受任何內(nèi)源性或外源性因素的影響，如不受任何實(shí)驗(yàn)處理措施的影響.

近年來(lái)的研究發(fā)現(xiàn)：這些常用內(nèi)參基因均存在缺陷，在不同類(lèi)型的細(xì)胞和組織 細(xì)胞增殖和器官發(fā)育的不同階段 體外培養(yǎng) 各種實(shí)驗(yàn)條件等情況下它們的表達(dá)量通常變異較大。正確的選擇內(nèi)參基因, 很大程度上依賴(lài)所研究的細(xì)胞或組織, 不同的試驗(yàn)需要尋找適合各自試驗(yàn)體系的特異性穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)參基因。然而,合適內(nèi)參基因的選擇,需要在各種類(lèi)型的細(xì)胞或組織和各種試驗(yàn)條件下進(jìn)行比較選擇。理想的內(nèi)參基因應(yīng)在各種試驗(yàn)條件下,各種類(lèi)型的組織和細(xì)胞中均恒定表達(dá),而且其表達(dá)量是近似的,無(wú)顯著性差別。另外要求不存在假基因以避免基因組的擴(kuò)增。