全國(guó)的工業(yè)污染已經(jīng)開始得到有效控制。到2000年底，全國(guó)所有工業(yè)污染源都將實(shí)現(xiàn)達(dá)標(biāo)排放。城市污水處理正在逐步加快步伐。但是，農(nóng)村經(jīng)濟(jì)發(fā)展帶來的農(nóng)藥、化肥、畜禽養(yǎng)殖污染量大面廣，有一定治理難度。從50年代到90年代，我國(guó)農(nóng)藥施用量增加近100倍，成為世界上農(nóng)藥用量zui大的國(guó)家。我國(guó)每年因農(nóng)藥中毒的人數(shù)占世界同類事故中毒人數(shù)的50%。而且由于農(nóng)藥的大量流失，造成嚴(yán)重的水體污染。全國(guó)化肥使用量也在成倍增加。1995年是1978年的4倍。目前，偏施化學(xué)氮肥，使氮、磷、鉀比例失調(diào)現(xiàn)象比較嚴(yán)重。而且化肥的利用率只有30%左右，大量化肥流失，進(jìn)入河流、海洋、湖泊，成為水體面源污染的主要來源。同時(shí)，由于大量化肥的使用，農(nóng)村畜禽糞便的農(nóng)業(yè)利用減少，畜禽業(yè)的集約化程度提高，加重了養(yǎng)殖業(yè)與種植業(yè)的脫節(jié)。畜禽糞便的還田率只有30%多，大部分未被利用。1998年全國(guó)畜禽糞便產(chǎn)生量是當(dāng)年全國(guó)工業(yè)固體廢物產(chǎn)生量的3.4倍。這些畜禽糞便大部分未經(jīng)處理直接排入江河湖海。同時(shí)，作為農(nóng)村經(jīng)濟(jì)的重要組成部分，鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)的發(fā)展也一直是困擾農(nóng)村環(huán)境的一大難題。據(jù)1991年和1997年兩次全國(guó)鄉(xiāng)鎮(zhèn)工業(yè)污染源調(diào)查，鄉(xiāng)鎮(zhèn)工業(yè)二氧化硫、煙塵、化學(xué)耗氧量和固體廢物排放量分別增長(zhǎng)了22.6%、56.5%、246.6%和552%；在全國(guó)主要工業(yè)污染物排放總量有所控制的情況下，鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)排污量卻在增長(zhǎng)，這將對(duì)水環(huán)境構(gòu)成嚴(yán)重威脅。